Riguardo al codice che hai postato basta che li cancelli manualmente, evidentemente hai fatto in precedenza una "stampata" vuota, nulla piùCodice PHP:
<?php
$testo = file_get_contents('pagina.php');
$testo .= '
$amici["Vittorio"] = "simpatico";';
file_put_contents('pagina.php', $testo);
?>