Il primo identifica HTML come linguaggio, mentre il secondo XHTML che è un'evoluzione verso XML.

Già utilizzare strict ti vincola un po' di più e ti permette meno errori (con ovvio beneficio per la compatibilità.

Per quale utilizzare, ... devi vedere tu. Con xhtml sarai più tranquillo un domani (almeno credo). Ma anche HTML4 strict può andare.

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Inviare l'XHTML come text/html è ritenuto dannoso