Mi rispondo da solo:

taskkill /f /im iexplore.exe

... metodo un po' grezzo ma risponde a quella che è la mia esigenza attuale.

L'ideale ora sarebbe riuscire a capire qual'è il PID della finestra lanciata, memorizzarlo da qualche parte (file TXT?) per poi andare a riprendere questo valore a fine esecuzuione e chiudere solamente quella determinata istanza di IE.

Se avete dei suggerimenti fatevi sotto!!