I comandi citati sono degli eseguibili, hai 2 opzioni:

1. Passare manualmente a questi comandi i tuoi files, e includere nelle pagine i file generati
2. Scriverti uno script php che passatigli i nomi dei file richiami i comandi e catturi il risultato.

In linea di massima il primo metodo è più scomodo, e dovresti farlo solo quando sei sicuro che il tuo sito va in produzione, altrimenti dovresti rifarlo per ogni file modificato.

Il secondo metodo richiede che gli eseguibili siano installati sul server, quindi non sempre è possibile.

Nel secondo caso dovresti innanzi tutto cambiare i tag css e script per fare in modo che puntino alla pagina php che eseguirà l'operazione.

Una cosa tipo:

codice:
<link rel="stylesheet" type="text/css" href="http://tuo_sito/process.php?type=css&amp;files=public.css,home.css" />
Il file php prenderà i files passati via get, eseguirà una system chiamando il comando tidy, e catturerà l'output per poi restituirlo dopo aver settato correttamente gli header della risposta per poter comunicare al browser che stai dando in output un file css piuttosto che js.

In tutto questo potresti inserire anche un sistema di cache, per evitare che ogni volta vengano processati tutti i files.

Ho fatto una cosa simile partendo da questo articolo (in inglese), se non conosci l'inglese puoi comunque dare un occhio al sorgente php per capire cosa fa.

http://rakaz.nl/item/make_your_pages..._and_css_files

ciao