Beh guarda per convertire puoi o semplicemente stampare quei caratteri con i codici di formato %d o %hd anziché %c oppure se devi crerare delle vere e proprie variabili intere puoi impiegare un array di interi e convertire i caratteri più o meno così (in un ciclo iterativo finché il file non è finito)

array[i] = (int) fgetc(pnt_file);

dove array è appunto un array di interi e pnt_file il puntatore al file che ti interessa.

Io direi così, poi se hai altre esigenze caso mai spiega meglio il problema

Comunque ricorda che i caratteri sono comunque delle variabili intere, interi su 8 bit.