Bhe l'articolo spiega la cosa in modo lineare, ti scarichi gli eseguibili suggeriti, poi da linea di comando (cmd) lanci ad esempio:

codice:
csstidy style.css style-min.css
Dove style.css è il file di origine, e style-min.css il risultato.

A questo punto potrai cambiare la chiamata ai fogli css nel tuo html per includere style-min.css, oppure rinominare il file di risultato in style.css e semplicemente sostituirlo.

Un consiglio, tieni sempre la copia originale, perchè se dovessi modificare qualcosa, non sarebbe cosi immediato visto che il codice sarebbe tutto appiccicato.

Per la domanda riguardo il secondo metodo hai capito bene, i file eseguibili devono essere installati sul server, quindi non basterebbe caricarli via ftp (almeno per quanto riguarda linux, per windows non lo so).

ciao