Non ti sprechi mai nel fornire dettagli quindi vado per ipotesi

Se il tuo caso è una semplice colonna di numeri del tipo
2
3
4
2
5

e così via puoi usare la powershell di microsoft.
La scarichi da qui
http://www.microsoft.com/windowsserv.../download.mspx

una volta installata digiti powershell da esegui, col comando cd, come col prompt dei comandi raggiungi la cartella che contiene il tuo file di testo e infine lanci questo comando

codice:
gc nome_tuo_file.txt | % {[int]$_} | sort | group | ? {$_.count -gt 1} | ft name,count -autosize
Ti verranno restituiti tutti i numeri, in ordine crescente, il cui numero di occorrenze è maggiore di 1 e il numero di volte in cui ciascun si ripete.

Spero di aver centrato il problema.