Sapendo che non si tratta di un file di sistema, ti avrei consigliato di eliminarlo o da modalità provvisoria o con Unlocker. Comunque ora che hai risolto tienilo così, se ricompare segui i suggerimenti di cui ho parlato prima.

Danneggiare a livello hardware non credo (forse la formattazione può essere stressante per l'HD ma non me ne preoccuperei), solo che un sistema ripristinato da cd, con parecchi punti di ripristino ecc. potrebbe essere instabile. Però ti ripeto, se vedi che per il momento va tutto bene non farti problemi. Ricorda, infine, che il Punto di ripristino è reversibile.