Non ho mai provato una soluzione automatica per pulire le cartelle temporanee su Windows e quindi non sono in grado di aiutarti. Posso dirti però che Linux svuota la cartella temporanea durante l'accensione della macchina. Te in quale momento esegui lo script?
Credo che dovresti preparare una procedura da invocare una volta che l'utente di disconnette e che rimuova soltanto i file creati dai processi legati a quell'utente.