non mi è mai capitata una cosa del genere... comunque, prova a ricopiare la cartella con i sorgenti da qualche parte e a creare ex-novo un progetto da codice esistente, passandogli la cartella con i sorgenti ricopiati... se nemmeno così funziona, fai un salto sul sito di netbeans e vedi se non siano già al corrente di malfunzionamenti/bug