Puoi tranquillamente mettere come pagina index del dominio principale un redirect automatico alla index del sottodominio.

Mi spiego meglio.

Poniamo che il tuo indirizzo web sia:
http://www.sottodominio.dominio.it.

Qualcuno potrebbe semplicemente scrivere nel proprio browser (visto che il dominio esiste) http://www.dominio.it.
Per evitare che si ottenga la classica pagina di errore 404 (Pagina/Sito inesistente) e quindi perdere potenziali utenti, nella cartella del server cui corrisponde il dominio principale, metti una qualsiasi pagina (PHP, ASP, HTML con opportuni meta tag, HTML con Javascript) che ti permetta di far puntare al browser all'indirizzo lungo, la cui index page che si aprirà sarà quella effettiva del tuo sito.

Spiegazione macchinosa?? Spero di no!