Credo che fondamentalmente non ci sia molta differenza, sempre che l'ottimizzazione riguarda solamente i contenuti e non la struttura del sito (URL rewrite, modifiche ai nomi delle pagine, aggiunta pagine, ecc.).
Nel secondo caso ci sarebbe quindi bisogno di un doppio lavoro e Google prenderebbe in considerazione URL errati o inesistenti.
Rimango comunque dell'idea che sia meglio procedere prima ad una buona ottimizzazione, anche se in tutti e due i casi lo spider Google ripasserebbe più volte sulle pagine ed avrebbe modo di valutare eventuali migliorie ad esse!