PHP è completamente indipendente dalla piattaforma. L'unica cosa che magari un sistema Linux può darti in più è la facile installazione delle librerie, cosa che con win è un pochino più complicato fare. Sinceramente non ho mai fatto girare PHP su IIS, ma sempre su apache (2) sia su linux che su win (e credo che come accoppiata sia la migliore, ma ripeto non ho riscontri diretti su IIS, tranne qualche recensione letta qua e la nella rete) e quindi non dovresti avere problemi di alcun tipo a sviluppare le tue applicazioni su win e farle girare su server *Unix