Quello del visual basic non era un installer era un orrore ambulante.

Usa innosetup o nsis per fare gli installer che sono prodotti MOLTO più seri e completi ma soprattutto tirano fuori roba che ti permette di installare correttamente i software senza dover fare strani giri appena ti serve qualcosa che è fuori dallo standard

Questo vale anche per php se ti serve fare un unico pacchetto