Mi sono accorto della presenza di un bug.
Ho aggiunto a monte la rimozione della formattazione delle celle.

codice:
Sub confronta()
' rimuovo la formattazione dalle celle
For Each foglio In ThisWorkbook.Sheets
foglio.Select
Range("a:a").Select
Selection.Interior.ColorIndex = xlNone
Next foglio
' fine rimozione formattazione
For i = 2 To 10
    For Each foglio In ThisWorkbook.Sheets
        If foglio.Name <> "Foglio1" Then
            If Sheets("Foglio1").Cells(i, 1).Value = foglio.Cells(i, 1).Value Then
                Sheets("Foglio1").Cells(i, 1).Interior.ColorIndex = 3
                foglio.Cells(i, 1).Interior.ColorIndex = 3
            End If
        End If
    Next foglio
Next i
End Sub