Per quello che devi fare Java non rappresenta alcun ostacolo anche perché la piattaforma .NET ha prestazioni paragonabili, semmai è decisivo il server di database.
Se decidi di lavorare in Java Mysql potrebbe essere una buona scelta in quanto entrambi prodotti SUN.
Con .NET magari è più consigliabile SQL Server (se si sposa una piattaforma meglio farlo fino in fondo).
Se non ti piace leggere quintali di manuali eviterei Oracle, per prestazioni lascerei perdere Jet e simili.
Cosa non indifferente, occhio alle licenze: SQL Server express è gratuito ma se ti serve qualcosa di più glielo devi far pagare.