Io ho Time Machine attivo e funzionante ma non ho mai avuto questo problema.
Il fatto che non si avvii regolarmente dopo uno di questi "blocchi" mi pare sospetto.
Con che interfaccia hai collegato il LaCie? Se non usi quella, mettilo sulla firewire 800 (non la 400 che è più lenta), io in quel modo non ho alcun problema.
Altra cosa, i privilegi li hai riparati sul disco esterno di backup o su quello di avvio? E' su quest'ultimo che è importante farlo.