mi sa che fai un po' di confusione su cosa è client e server nel tuo caso.

Una pagina jsp viene eseguita SEMPRE dove sta il tomcat. Quindi viene eseguita sul server. Se qui usi un client ftp e salvi sul file system, è ovvio che venga usato il file system del server. E non hai modo di accedere al file system del client!!

Il client http (ovvero il browser per intenderci) legge SOLO il contenuto generato dalla pagina stessa. E' qui che tu devi mandare il contenuto del file di cui vuoi fare il download. In pratica il server deve leggere il contenuto del file e "spararlo" come se fosse lui il contenuto html, impostando opportunamente il mime type. Ecco, per esempio, come impostare il mime type per un file Excel e forzare il donwload usando un nome specifico:

codice:
<%
response.setContentType("application/vnd.ms-excel"); 
response.setHeader("Content-disposition","attachment;filename=statistiche.xls");
%>
Da come descrivi il tutto sembra che la tua jsp (o servlet che sia) ora invii un output html e non il contenuto del file...