Il valore viene cambiato dentro a $prod, non dentro a $Descrizione.

Un metodo per fare quello che chiedi è modificare il metodo Descrizione() in questo modo:

Codice PHP:
      public function Descrizione()
      {
        return $a = array(&$this -> Id, &$this -> Nome, &$this -> Prezzo, &$this -> Quantita, &$this -> Negozio);
      } 
Non so quante e quali regole viola questo codice (incapsulazione?), e non te lo consiglio. Molto meglio sarebbe ottenere nuovamente un array Descrizione oppure utilizzare i metodo Id(), Nome() etc. per accedere alle versioni modificate delle proprietà private.