Non è che si capisce molto cosa ti è successo dopo aver installato la SP3 :master:
In che senso "programma residente"? Che programma? Accedevi al "programma" via LAN? Il problema è che non riesci più a vedere in rete i 2 PC?
Non è molto chiaro. In che modo i 2 PC erano collegati? Tramite hub/switch o semplice cavo cross?
In ogni caso se devi rimettere in rete i 2 PC devi assegnare ad entrambi un indirizzo IP e ricollegarli