Grazie si era proprio per quello ho aggiunto a tutte le stampe a video del prog in C++ un <<endl alla fine che esegue il flush e funziona correttamente...ora però ho un altro problema...

Devo visualizzare il contenuto dell'elaborazione del prog in C++ in una JTextArea...

codice:
                while ((line = brCleanUp.readLine ()) != null) {
                    System.out.println ("[Stdout] " + line);
                    jTextArea1.append(line+"\n");
                    
                 }
utlizzando un append il problema rimane....mi visualizza tutto solo alla fine dell elaborazione del prog in C++...come posso fare...??