Continuo a non capire.

Che cosa significa "devo riuscire a prenderetutti i pixel di un immagine" e "dichiararla sia con un numero id che cordinate"?

Se vuoi ottenere il colore di ogni pixel è sufficiente utilizzare http://www.php.net/getimagesize per ottenerne le dimensioni e http://www.php.net/imagecolorat per ottenere il colore dei singoli pixel.