intendi avere i nomi delle foto nel database?
se si, leggi dal db i nomi delle foto e li metti tutti in un array

while ($r = mysql_fetch_array()) //Se non ricordo male
{
$array_files[] = $r[0];
}

, poi quando fai:

if ($file != "." && $file != "..") {

controlli anche che sia nell'array:

if ($file != "." && $file != ".." && in_array($file,$array_files) {