Metti il div in display:none;
poi aggoiungi una funzione onComplete all'Ajax.Updater:


usa prototype per ottenere le dimensioni della pagina, e poi inserisci il left ed il top del div

Codice PHP:
new Ajax.Updater('TargetID''visualizza_archivio.php', {parameters: {id targetId}, onComplete: function(){
   var 
div = $('TargetID');
   var 
winW 630;

   if (
parseInt(navigator.appVersion)>3) {
      if (
navigator.appName=="Netscape") {
         
winW window.innerWidth;
       
      }
      if (
navigator.appName.indexOf("Microsoft")!=-1) {
         
winW document.body.offsetWidth;
       
      }
   }
   
div.setStyle({
      
display'block',
      
left : ((div.getWidth() - winW) / 2)+"px",
      
top"100px"  //Ma questo lo decidi tu in base alla pagina
   
});
}, 
method'get'}); 
Poi nel div metti anche un link con onclick="$('TargetID').setStyle({display : 'none'})"