Si normalmente la parte di codice è separata dalla parte html.
Una volta compilato il progetto tu avrai solo le pagine aspx e nella cartella bin le dll derivanti dai file .cs.
per ricompilare il progetto devi andare su genera---> pubblica sito

Dopo la compilazione avrai il progetto nel path:

es. Projects\NOMEPROGETTO\PrecompiledWeb\NOMEPROGETTO


Se selezioni usa assembly con pagina singola...., avrai tannti file dll quante sono le pagine del tuo sito.


Ciao
Scuba