premetto che non conosco linux me che la procedura
che ti indico mi è passata per la mente proprio ora
pertanto non è sicuro che funzioni, cmq potresti:

staccare tutti gli hard disk che al momento disponi;
installare un altro hard disk anche di ridotta capacità;
installi linux normalmente su quel disco fisso;
colleghi gli altri dischi e agisci sul file bootini
come hai già fatto, aggiungendo come opzione
anche il disco con linux.
In questo modo non modifichi l'mbr e la procedura
dovrebbe essere il meno possibile invasiva.

Ovviamente facci sapere se funziona.
luca