scegli come estensione gif e il programma ti salvera' la trasparenza di fondo; unica attenzione, a differenza di png che prevede la semitrasparena, il formato gif ha pixel pieni o pixel vuoti

a ogni modo se vuoi usare png nel web ti basta inserire uno script per ie (gli altri browser non hanno problemi), se non ricordo male e' linkato anche nelle faq in evidenza