non andava perchè il secondo file contiene degli spazi, allora ho fatto in modo di leggere un carattere per volta, tuttavia così facendo perdo l'indentazione:

int cnt;
InputStream f = new FileInputStream("C:\\grafo.xml");
do{
cnt = f.read();
if(cnt != -1) out.println((char) cnt);
if((char)cnt==' ')
{%><%}
}while(cnt != -1);
f.close();

così facendo gli spazi all'inizio della riga non me li conta, come faccio?