il più banale:

Avrai solo index.php, che ti butta fuori i menu con i link:

menu1 (href='menu=1')
menu2 ....

In index, farai un controllo:

Codice PHP:
if (!empty($_GET['menu']))
{
switch (
$_GET['menu'])
{
case 
1:
 
getMenu1();
 break;
case 
2:
 
getMenu2();
 break;
}
}
else
getHomePage(); 
Questo è un esempio banalissimo... Cos' avrai solo index.php...

Più avanti potrai farti delle classi che si occuperanno in maniera elegante di visualizzarti i contenuti, ma almeno ti potrà essere chiara la logica...
Dove prima avevi mille pagine inutili in html, ora avrai varie funzioni per i vari menù...

Capito questo, potrai passare al mod_rewrite, ma è abbastanza inutile se non si sa come rendere un sito dinamico..

Spero di essere stato chiaro