purtroppo non ho molta esperienza a riguardo, pero' ci provo...
hai come campo Port1 (credo, con vb.net non ho molta confidenza) che usi nella sub, ma su quale porta è impostato? voglio dire, quando accedi alla porta controlli che sia quella giusta? (tipo com1 o 2 ecc.) oppure ogni volta la reimposti prima di chiamare la sub? e se è cosi' (la reimposti) non è che il timer delle due si accavallano in alcuni momenti?