usi dei thread sincronizzati? magari il componente che usi è progettato per l'accesso a una singola porta e non riesce a gestire l'eventuale altra porta se chiamata in contemporanea

o magari qualcosa che crea conflitto in una porta.

ad esempio una cosa del genere mi era capitata con il bluetooth che quando girava col mio programma era sulla com1 ma se facevo partire il software del pennino dopo il mio mi impostava a com2 (il pennino) e il mio programma la continuava a cercare su com1 (chiaramente era un problema che dovevo risolvere a livello di codice che era scritto male)