perchè hai scaricato solo il file dei comuni..
Se vedi c'è l'id della provincia.. Andando a cercare, di sicuro c'è il file con le varie provincie al quale associare quegli id...
Io avevo importato tutto nel db, usando una classe che mi andava a leggere i file excel, ma molto + semplice sarebbe convertire i file in cvs così da leggerlo normalmente in php, poi non fai altro che costruire una funzione che ti prenda riga per riga e la infili nel db

ora vedo se trovo qualcosa per cani e felini