Devi considerare i due frame come due pagine indipendenti.
Anche la home che contiene i frame è indipendente dagli altri due.
Tu hai tre pagine per il motore, anche se contenute, visivamente nel browser in una sola pagina.
Ragiona così. Se nella home hai solo i due frame e niente altro, significa che la tua home è vuota. Se è vuota per il motore non ha contenuto e non viene considerata.