sì, le alternative ci sono

e sono costituite dai metodi nativi .createElement() e .appendChild() che ti consentono di creare ed appendere nodi ad un documento.

http://developer.mozilla.org/en/docs....createElement
http://developer.mozilla.org/en/docs...nt.appendChild

innerHTML può dare alcuni problemi pratici (ad esempio il dover comporre una stringa da injectare nell'elemento, avere dei riferimenti dei nodi inseriti tramite metodi del DOM, avere un comportamento congruente su tutti i browser)

Però su un numero elevato di elementi (nell'ordine delle migliaia e oltre) e per certi elementi (tabelle) a livello di performance è migliore.