l'unica cosa che ti consiglio e di verificare bene tutti i passaggi, e soprattutto di non fidarti di quello che ti mostra phpmyadmin, e di non fare inserimenti da phpmyadmin.
Tutti i miei siti in utf8 mostrano schifezze in phpmyadmin, ma funzionano perfettamente.

Per quanto riguarda il copia incolla da pdf, non vorrei che ci fosse di mezzo una codifica diversa anche nel pdf, l'ideale sarebbe riuscire a inserire il carattere che copi direttamente da tastiera per escludere il possibile errore, ma mi rendo conto che non è un compito banale