è capitato anche a me.

praticamente il problema è questo (in soldoni, che sono un po di fretta ): hai fatto la copia dal disco C al disco F (per esempio). C è il disco originale, F è il disco clonato.

Devi fare così: metti F come primario e C come secondario, e fai fare il boot dal disco F.
Al login inserisci la password (se c'è) e vedrai che riuscirai ad entrare. Dovrai poi andare nel Registro di Configurazione di Sistema (sinceramente non ricordo dove, magari stasera cerco qualcosa) ed eliminare tutte le varie associazioni dei dischi esterni alle lettere di sistema (ad esempio, F è il "disco clonato", c è il "disco originale", g è una chiavetta usb, eccetera.
Dopo aver eliminato le associazioni, spegni il pc, stacca il disco C (l'originale che avevi messo come secondario) e avvia il pc sempre da "E". Al login dovrebbe andare tutto bene.

Perchè questo? Perchè nella copia che Ghost fa, rimangono anche le informazioni nel registro che associano ad un determinato hardware (chiavetta usb, hard disk esterni, hard disk interni) una lettera di sistema.
Quando però vai a fare il boot dal disco clonato, Windows lo riconosce come E, ma le informazioni del login, eccetera, nel registro le ha memorizzate con percorso C:\ eccetera eccetera.
Quindi eliminando TUTTE le associazioni tra hardware e lettere di sistema il problema dovrebbe risolversi.

Sono sicuro che sia questo perchè mi è capitato cosi su un pc di un cliente circa a metà luglio, e sono stato non meno di 3 ore a scervellarmi su questo.

Ora come ora pero non mi ricordo assolutamente le chiavi di registro da cancellare, ma se fai una ricerca su google tipo "registro windows associazioni lettere dischi" o qualcosa del genere magari trovi qualcosa.