Allora:

codice:
byte[] buffer = new byte[BUFFER_SIZE]; //crei un buffer di byte, BUFFER_SIZE lo decidi tu (tipo 1024)
int readBytes = stream.Read(buffer, 0, BUFFER_SIZE); leggi dal filestream il numero di byte da te scelto, readBytes indica se devi ancora leggere qualcosa dal file
while (readBytes > 0) //c'è ancoera da leggere
{

       //qui poi fai ciò che ti pare con i byte letti tipo criptarli o altro

       readBytes = stream.Read(buffer, 0, BUFFER_SIZE); //leggi un nuovo blocco di byte
}//il ciclo termina quando finisci i byte del file.. a questo punto puoi chiudere lo stream