Secondo me il problema potrebbe essere relativo a un funzionamento errato del controller ide della scheda madre.
Prima di sostituire la scheda madre potresti provare ad aggiungere un controller ide pci.
Inoltre potresti dare un occhio al funzionamento dell'hd con questi tool:
http://www.seagate.com/www/en-us/sup...oads/seatools/
puoi usarlo sia in verione cd che floppy.