grazie andbin... ho provato a fare come dici te, però non funziona.. credo ci siano problema con la scrittura perchè il file xml non viene per niente modificato... Posto il codice che ho utilizzato così da poter avere una visione più chiara:

codice:
Document documento = null;
            SAXBuilder saxBuilder = new SAXBuilder();
            try {
                documento = saxBuilder.build(new File("./xml/copia_lista_processi.xml")); 
            }
            catch (JDOMException ex) {
                System.err.println(ex);
            }
            catch (IOException ex) {
                System.err.println(ex);
            }
            Element elementoRadice = documento.getRootElement(); 
            /*List elencoProcessi = elementoRadice.getChildren("processo");
            Iterator iteratoreProcessi = elencoProcessi.iterator();
            while (iteratoreProcessi.hasNext()) {
                 Element elementoProcesso = (Element)iteratoreProcessi.next();
            }*/
           
            Element processo = new Element ("processo");
            processo.addContent (new Element ("id").addContent (id_processo.getText()));
            processo.addContent (new Element ("nome").addContent (nome_processo.getText()));
            for (int i=0;i<criticita.length;i++){
                if (criticita[i].isSelected()) {
                    processo.addContent (new Element ("criticita").addContent (criticita[i].getText()));
                }
            }
            processo.addContent (new Element ("id").addContent (responsabile.getText()));
            processo.addContent (new Element ("nome").addContent (descrizione.getText()));
            for (int i=0;i<impatto.length;i++){
                if (impatto[i].isSelected()) {
                    processo.addContent (new Element ("impatto_aziendale").addContent (impatto[i].getText()));
                }
            }
            processo.addContent (new Element ("rto").addContent (rto.getText()));
            processo.addContent (new Element ("rpo").addContent (rpo.getText()));
            processo.addContent (new Element ("mtbf").addContent (mtbf.getText()));
            processo.addContent (new Element ("tempo_ripristino").addContent (tempo_rispristino.getText()));
            
            elementoRadice.addContent (processo);
            XMLOutputter xmlOutputter = new XMLOutputter();
            xmlOutputter.setFormat(Format.getPrettyFormat());
            try {
               FileOutputStream fileOutputStream = new FileOutputStream(new File("copia_lista_processi.xml")); 
               xmlOutputter.output(documento, fileOutputStream);
             }
             catch (FileNotFoundException ex) {
               System.err.println(ex);
             }
             catch (IOException ex) {
               System.err.println(ex);
             }
Ditemi se vedete qualcosa di sbagliato... Mi fareste un enorme piacere.. Thanks