Esistono vari algoritmi di criptaggio, come l'RSA, il DES, il 3DES, ecc...
Il migliore, per quel che ne so io, è il 3DES, ma non mi pare sia supportato dall'apposita libreria java, quindi dovresti implementarlo tu...
Comunque ti basta fare una googlata e li trovi già implementati!!
Spero di esserti stato utile, ciao!!