Mi sa che hai un po' di confusione in testa.
Anzitutto il DOCTYPE: definisce il linguaggio usato nella pagina. Il linguaggio HTML ha varie versioni, e con il DOCTYPE si definisce quale DTD (Document Type Definition) viene usata.

Ma non e` che risolvi passando da una DTD strict ad una transitional; probabilmente dopo aver dichiarato una DTD strict non usavi il linguaggio corrispondente. I manuali HTML chiariscono quali tag e attribti si possono usare con le varie DTD.
Ad esempio io uso il manuale http://www.w3schools.com/tags/default.asp (al suo interno c'e` la pagina relativa al DOCTYPE: http://www.w3schools.com/tags/tag_doctype.asp ).

Trovi descrizioni delle differenze tra le DTD nei manuali (tutorial) di HTML o XHTML (ce ne sono un paio anche in HTML.it)

L'uso CORRETTO dei CSS e` utile a non avere differenze fra i vari browser: occorre pero` eliminare le formattazioni realizzate con attributi e tag HTML, altrimenti si creano conflitti fra CSS e HTML, e browser diversi risolvono i conflitti in modo diverso.

Comunque sposto nel forum (X)HTML.