Ecco, con un po' di codice si ragiona meglio. Ci sono diversi errori:

1) Dentro un controllo server non funziona la sintassi:
<%=variabile_server%>

ma devi mettere eventualmente:
<%#variabile_server%>

e contemporaneamente devi mettere, per esempio nel load:
Me.MioControllo.DataBind()


2) Non hai messo l'istruzione più importante:
Option Strict On

Questa istruzione permette di far lavorare il basic decentemente, come il c#


Comunque, prova così:

pagina aspx
codice:
<%@ Page Language="VB" AutoEventWireup="false" CodeFile="Default.aspx.vb" Inherits="prove_Default" %>

<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml">
<head id="Head1" runat="server">
    <title>Prova di passaggio varibili lato server -> lato client</title>

<script language="javascript" type="text/javascript">
// <!CDATA[

window.onload = function()
    {
        var count = <%=count %>;
        document.getElementById("span1").innerHTML = count;
    };

// ]]>
</script>

</head>
<body>
    <form id="form1" runat="server">
    <div>
        <asp:Button ID="Button1" runat="server" Text="Button" />
        

        

        count lato server: <asp:Label ID="Label1" runat="server" ></asp:Label>
        <hr />
        count lato client: <span id="span1"></span>
    </div>
    </form>
</body>
</html>

pagina di codice
codice:
Option Strict On

Partial Class prove_Default
    Inherits System.Web.UI.Page

    Protected count As Integer

    Protected Sub Page_Load(ByVal sender As Object, ByVal e As System.EventArgs) Handles Me.Load
        If Not Me.IsPostBack Then ' Primo avvio dell'Application Web 
            Me.Session("Conta") = 0
            Label1.Text = Session("Conta").ToString
        End If
    End Sub


    Protected Sub Button1_Click(ByVal sender As Object, ByVal e As System.EventArgs) Handles Button1.Click
        count = CInt(Session("Conta")) + 1
        Session("Conta") = count
        Label1.Text = count.ToString
    End Sub
End Class

L'ho provato e va. Prova adesso ad utilizzare i temi e metti nel web.config questo:
codice:
<?xml version="1.0" encoding="utf-8"?>
<configuration>
    <appSettings/>
    <connectionStrings/>
    <system.web>
      <pages styleSheetTheme="Tema1"></pages>
    </system.web>
</configuration>