In realtà la differenza è maggiore.

Il pattern MVC prevede la suddivisione tra "model" "view" e "controller", mentre un template engine da solo divide la view dal model+controller. Sta a te poi decidere se dividere il model dal controller.

In pratica l'mvc ti permette un domani di cambiare model e view per fare in modo ad esempio di adattare un'applicazione web al desktop (anche se per php ha senso fino ad un certo punto).

Non ti spiego in modo approfondito, perchè esistono molti articoli che spiegano meglio di come potrei fare io



EDIT.

Scusate, ho aperto la finestra per la risposta e me la sono dimenticata lì... comunque la risposta di gab mi piace