Non è conveniente ne consigliato tenere php come modulo isapi di IIS!

Le estensioni di PHP non sono a pieno thread-safe e quindi fanno casino (soprattutto le GD2)!

Usa PHP tramite FastCGI ... per windows ci dovrebbe essere anche lo Zend Enabler che fa tutto lui ed usa fastcgi (che tra parentesi è anche un pò più veloce rispetto al modulo caricato internamente)