Sinceramente non conosco il programma e non uso skype, ma sembrerebbe solo un problema di priorità dell'avvio dei due programmi.

Non sono neanche in grado di consigliarti come modificare il registro, sempre se sia possibile, per sistemare il problema di priorità.

Posso solo provare ad illustrarti come io cercherei di sistemare il problema.

Se tu hai già smanettato nelle impostazioni dei due programmi senza trovare una opzione che sistemi il problema, creerei un collegamento all'avviabile del programma del telefono che sistemerei per ultimo nella cartella esecuzione automatica, naturalmente skype deve essere sistemato per primo, se non lo fosse, elimina tutti i riferimenti tramite msconfig o altra applicazione, e setta skype, come primo, nella cartella esecuzione automatica.
Se skype parte prima del software del telefono, può darsi che non si danno noia.

Prova, e facci sapere.

Ciao