Può essere che ci sia qualche settore dell'HD danneggiato... per win è un problema e per linux no!
Però come lo hai esposto mi fa pensare più ad un problema a qualche altro componente, che so la scheda video (è un esempio!!!!!) windows non la vede correttamente per chissà che motivo... Mentre linux (che nonostante quello che si dice ha la più ampia compatibilità con l'hardware) probabilmente riesce ad andare anche "girando attorno" al problema!

O così, oppure il cd di installazione di windows danneggiato.