quando installi mysql ti chiede la directory di salvataggio dei db.

Il programma vero e proprio viene installato sul disco fisso, mentre se specifichi il percorso giusto la directory "MySQL Datafiles" viene salvata sulla pen drive.

Io l'ho fatto per mettere i file di db su un'altra partizione, ma il principio è lo stesso.

ciao

p.s.
Se lo fai per uno scopo di sicurezza è un conto, ma se è solo per poter recuperare i dati non credo sia tanto semplice rimettere in piedi un db avendo solo i files, ti conviene comunque fare una procedura di backup per un eventuale recupero successivo.

ciao