Beh, io propenderei per il sistema FTP!
Uso smf come forum e loro usno questo tipo di trasferimento!

Per vedere se il tizio può installarlo puoi tranquillamente usare un versioning dei pacchetti!

Addirittura potresti mettere su una struttura tipo subversion e poi il sito client si va a verificare da solo se è aggiornato o meno e di conseguenza si scarica e applica le modifiche (ma quì siamo già nel complicato secondo me... a meno che tu non usi un client svn con un cronjob)
Con il sistema tipo svn ogni pacchetto che si vuole installare viene aggiunto alla gestione via svn e viene aggiornato in automatico inseme al resto.
Però in questa maniera la personalizzazione da parte dell'utente diventa piuttosto difficile dato che il sistema gli si aggiorna sotto i piedi e sovrascrive le modifiche...
(ho provato a spaziare un po' con la fantasia... spero di essere stato utile, se ho farneticato ignorami!)