Così dovrebbe andare:

Codice PHP:
if(@is_uploaded_file($_FILES['img']['tmp_name'])) {
    $path_file = "$upload_dir/$file_name";                 
    if( !@move_uploaded_file($_FILES['img']['tmp_name'], $file_path) ){
        $errore="Impossibile spostare il file. Controllare l'esistenza o i permessi della directory dove fare l'upload.";
    }else{
        // CREAZIONE THUMBNAIL (miniature)
        // Ottengo le informazioni sull'immagine originale
        list($width, $height, $type, $attr) = getimagesize($path_file);                   
        // Creo la versione 100*100 dell'immagine (thumbnail)
        $thumb = imagecreatetruecolor(100, 100);
        $source = imagecreatefromjpeg($path_file);
        imagecopyresized($thumb, $source, 0, 0, 0, 0, 100, 100, $width, $height);
        imagejpeg($thumb, '../upload/immagini/miniature/'.$file_name, 75);
    }                    

} 
Una volta che hai spostato il file con la funzione move_uploaded_file() devi lavorare con il file nella nuova posizione, tutto qua :)