http://webealessio.splinder.com/post...i+file+con+PHP
questo è un metodo che risolve parzialmente il problema, ovvero spezzetta il file in parti più piccole così da scavalcare il max_upload_size rimane il problema del timeout che si potrebbe risolvere modificando il codice creando una funzione ricorsiva tramite AJAX e per ogni richiesta caricare tot-byte

non so se è fattibile ma si può provare